复旦大学高度重视并持续深化马克思主义学科群建设工作，依托平台搭建和机制创新等举措推进马克思主义跨学科交叉研究。1993年，学校成立马克思主义研究中心；2006年，组建校内虚体机构——马克思主义研究院（以下简称“马研院”）；2019年，马研院成为校级实体化运行科研机构；2024年，马研院入选首批“上海高校马克思主义研究院支持计划”。

2025年，学校对马研院实施新一轮机构与功能改革。新一轮改革后，马研院是学校党建和思想政治工作领导小组理论工作组的办事机构，以及马克思主义理论跨学科交叉融合创新的实体研究机构。马研院深入贯彻落实习近平总书记推动哲学社会科学知识创新、理论创新、方法创新的指示要求与学校党委理论工作部署，统筹推进习近平新时代中国特色社会主义思想体系化学理化研究阐释工作，布局和深化分领域研究，致力于打造马克思主义理论交叉研究的大平台、大马学科群繁荣发展的驱动器、高水平马克思主义理论人才队伍加速成长的蓄水池、人文和哲学社会科学融合创新的试验田。

马研院以“两大工程”项目为载体开展有组织科研。2017年启动“两大工程”一期、2022年启动“两大工程”二期，涌现出一系列高质量研究成果，获得学界业界的高度评价，产生广泛而积极的社会影响。2025年起，马研院按照学校部署启动“两大工程”（“习近平新时代中国特色社会主义思想研究工程”和“中国哲学社会科学自主知识体系建设工程”）三期建设。“两大工程”三期围绕习近平新时代中国特色社会主义思想及分领域思想、习近平总书记关于教育的重要论述，组织开展标识性概念研究、原创性理论研究、基础理论问题研究、重大现实问题研究；集中提炼和深入研究一批哲学社会科学各学科标识性概念、原创性理论、体系化知识，践行有组织科研、有组织育人、有组织服务，为“十五五”期间全校推动哲学社会科学“三个创新”发挥战略支点作用。

马研院切实发挥学校党的创新理论研究机构“母体”功能。服务支持一批跨学科的理论工作平台、实体运行科研机构和校级虚体科研机构。统筹管理习近平新时代中国特色社会主义思想相关研究中心分支机构的建设，落实推进习近平文化思想研究中心复旦大学协同研究基地建设；以“两大工程”三期研究成果转化等方式为抓手，协助推进学校国家教材建设重点研究基地建设相关工作。

马研院着力促进与服务“大马学科群”繁荣发展。发挥跨学科平台优势，通过学科建设规划、重大项目组织、学术资源配置、成果经验上报等形式，为大马学科群建设提供学术管理与服务。巩固成熟优势学科，拓展新兴学科领域，培育交叉融合学科，形成多学科协同发展的“雁阵效应”，推动学校马克思主义学科群高质量发展。

马研院致力于打造高水平学术交流阵地，促进多学科交流融通。自主创办、定期出版高质量学术集刊《复旦马克思主义评论》（每年两辑），为大马学科群提供成果发表与思想对话平台。同时，搭建跨学科交流平台，紧紧围绕中国式现代化进程中的重大理论和实践问题，凸显马克思主义相关学科的交叉融合特征，积极开展多类型、多学科的学术讲座和论坛，主动创设学术交流品牌，持续推进党的创新理论体系化学理化研究阐释和中国哲学社会科学自主知识体系构建。

马研院高度重视研究团队建设，持续涵养人才队伍“蓄水池”。坚持名家引领、骨干支撑、老中青搭配、中青年为主建设思路，跨学科、跨院系培育和服务哲学社会科学理论工作者。目前，马研院有全职专任教师19人、博士后8人（超级博士后2人）；培育国家级人才3名，获得上海市级人才项目9人次；通过双聘等方式聘任校内相关学科知名专家37名，通过项目制等方式聘任马克思主义学科群研究专家100余人。

马研院深度参与学校思政课改革创新与人才培养工作。马研院与马克思主义学院联合开展思政课建设；依托合作共建机制，充分挖掘各学科思政元素，在各哲学社会科学学科布局共建马克思主义课程，推动马克思主义类课程与思政课同向同行。同时，依托相关院系合作开展研究生培养，探索建立“导师组”“双导师制”等机制，着力提升学生的创新能力和跨学科研究能力，推动学术研究与教学实践的深度融合、提升教学质量，为培养德才兼备的优秀人才积极贡献力量。