复旦大学马克思主义研究院是复旦大学实体科研与教学机构，拥有120个科研人员编制和独立整幢办公大楼，是开展马克思主义理论研究与建设的跨学科整合和协同研究的新型研究平台，主要职责是进行马克思主义相关学科的学科建设、理论研究、人才培养、课堂教学、理论资政等，通过发挥平台、导向和引领作用，形成复旦大学马克思主义研究在国内外的引领性集群优势，建设具有国内和国际顶尖水平的马克思主义研究高地。
复旦大学开展马克思主义跨学科和交叉融合研究历史悠久。早在1993年，即成立马克思主义研究中心。2006年，正式成立马克思主义研究院（虚体科研机构）。2019年，重组马克思主义研究院，作为以人文社会科学各院系和马克思主义学院为支撑的、跨学科整合和协同研究的新型研究平台，纳入校级实体化运行科研机构管理。
马克思主义研究院核心功能是服务和扶植，重在繁荣发展马克思主义学科群，推进马克思主义高峰高原学科建设。目前重点联合共建马克思主义法学、马克思主义美学/文论、马克思主义哲学、马克思主义政党学、马克思主义政治经济学等，压茬推进马克思主义民族学、马克思主义社会学、马克思主义史学等建设。
马克思主义研究院重点组织实施“两大工程”项目研究。牵头推进学校“习近平新时代中国特色社会主义思想”研究工程和“当代中国马克思主义”研究工程，集中 40多名校内知名学者领衔，组建200余人团队，按照“1个项目+1个团队+1个学科+1门课程”项链模式，分6个系列、35个项目开展重点攻关，对习近平新时代中国特色社会主义思想开展基础性、战略性、集成性研究，推动学理化阐释、学术化表达、体系化构建。目前已出版专著近20本。深入推动将“两大工程”研究成果向教材和课程转化，首批建设9门课程，重点建设11本教材。
马克思主义研究院按照“名家引领、骨干支撑、老中青搭配、中青年为主”标准开展学科队伍建设，目前已引进高端讲座教授4名，自主培育国家级人才称号特聘教授1名，拥有国家级人才称号青年学者2名，引进和招聘专职师资队伍20余人，马克思主义学科群研究队伍100余人。
马克思主义研究院深度参与学校思政课改革创新，与马克思主义学院联合开展思政课建设。依托合作共建机制，充分挖掘各学科思政元素，在各个哲学社会科学学科中布局共建一门马克思主义课程，推动马克思主义类课程与思政课同向同行。
2012年以来，马克思主义研究院面向全国高校定期举办马克思主义理论高级研修班，为培养青年马克思主义理论工作者，提高高校马克思主义理论一级学科及相关学科（如马克思主义哲学、国外马克思主义专业）青年学术骨干的理论素养起到了重要作用。研究院还以党务干部能力提升培训班等为实践载体，积极投身社会服务。